Cada acuerdo comercial vigente, establece claramente el sistema de certificación de origen que será utilizado. Actualmente, ProChile es la Autoridad Gubernamental para emitir pruebas de origen a la Unión Europea, EFTA, China y el Reino Unido. Asimismo, intervienen otros organismos públicos dependiendo del país de destino y del tipo de producto a exportar.
ProChile también delega la tarea de certificar origen en la Sociedad de Fomento Fabril (SOFOFA), para los productos industriales y en la Unidad Central de Certificación de Origen (UCCO), para algunos bienes del rubro de la agroindustria y la pesca.
Las entidades deberán revisar y comprobar que los productos exportados con certificados de origen cumplan los requisitos de origen de los acuerdos comerciales, para cuya misión, utilizan distintos mecanismos de verificación documental y física, con la finalidad de emitir pruebas de origen que acrediten que los bienes exportados son originarios de Chile.
