Cada acuerdo comercial vigente establece el sistema de certificación de origen que se utilizará. Actualmente, ProChile es la Autoridad Gubernamental Competente para emitir pruebas de origen a la EFTA, China y el Reino Unido.
ProChile también delega la tarea de certificar origen en el caso que los acuerdos lo permitan; En la actualidad la Sociedad de Fomento Fabril (SOFOFA) emite certificados de origen para las mercancías industriales y la Unidad Central de Certificación de Origen (UCCO), para bienes del sector agrícola y la pesca.
Las entidades validaran y comprobarán que los productos exportados con certificados de origen cumplan los requisitos de origen de los acuerdos comerciales, para cuya misión utilizan mecanismos de verificación documental y física a fin de sustentar que los bienes exportados son originarios de Chile, mediante la emisión del certificado de origen. Permitiendo al importador beneficiarse de preferencias arancelaria