El certificado de origen será emitido exclusivamente cuando los productos exportados cumplan las reglas de origen respectivas y corresponda aplicar la preferencia arancelaria en el marco de un acuerdo comercial en destino. No obstante, en diversos acuerdos comerciales se establecen excepciones, bajo las cuales es posible eximirse de presentar un certificado de origen, entre las cuales se puede citar:
• por exportaciones de montos reducidos y establecido según el acuerdo, y;
• en los acuerdos firmados por Chile con la Unión Europea, Reino Unido, con los países del EFTA y con Turquía, se establece la posibilidad de prescindir del certificado de origen para aquellos exportadores que acceden a la categoría de exportador autorizado. Esta facultad es entregada por esta Dirección General a aquellas empresas que cumplan con la condición de ser exportadores frecuentes entre otros aspectos.
Cabe recordar que el certificado de origen no es documento obligatorio en la exportación, salvo cuando sea utilizado como medio para acceder a las preferencias arancelarias y permitirle al importador la rebaja total o parcial del pago de derecho ad valorem.